在過去的幾年里，CY5熒光團已經成為生命科學研究和診斷領域非常流行的分子標記物。這些熒光素的強發(fā)射光為紅光，在這個范圍大多數(shù)CCD檢測器具有較大檢測靈敏度，而且是生物物質低背景區(qū)。染料的顏色是非常強烈的，因此在凝膠電泳中低至1nmol的量都能被肉眼觀測到。CY5 NHS ester是用于標記多肽、蛋白和寡核苷酸的氨基基團的活性染料。在標記反應中該染料需要少量的有機共溶劑（如DMF，DMSO）（請參照我們的推薦手冊以獲得更多幫助信息）。對于可溶性蛋白、各種各樣的多肽和寡核苷酸而言，這種染料是非常理想而且成本低廉的。該染料在有機溶劑對小分子物質的標記也是非常有效的。對于更多的精細目標物，如易降解蛋白，如果DMF或DMSO會對其有影響，可以考慮water-soluble Cy5 NHS ester（水溶性Cy5 NHS ester染料），因為它們不需要有機溶劑助溶，而且具有和熒光染料類似的性質。

CY5熒光團可以與很多的儀器如熒光顯微鏡、成像儀、掃描儀、熒光分析儀等相兼容。許多的CY5衍生物——CY5 NHS ester可以替代Alexa Fluor 647和 DyLight 649等活化酯（activated esters）。